Má stáž u pana doc. Mgr. Vladimíra Hampla, Ph.D. z katedry parazitologie, PřFUK je zaměřena na výzkum diverzity zelených krásnooček – jednobuněčných eukaryotních organismů rodu Euglena, která se vyznačují poměrně zajímavými vlastnostmi, např. schopností rozpoznat, kde je zdroj světelného záření, a to pomocí tzv. stigmy (světločivné skvrny). Mezinárodní tým biologů provedl výzkum, který spočíval v odebrání vzorků na několika místech Baltského moře. To je totiž jedno z největších světových brakických těles, pro krásnoočka je vhodná právě brakická voda, popř. sladká.
Data z těchto vzorků byla předmětem mého zkoumání. Pomocí proteinkódujícího algoritmu blastx americké databáze sekvencí DNA jsem přiřazovala sekvenované úseky DNA ke konkrétním bílkovinám pocházejícím z konkrétních organismů. Kromě Euglen jsem se zaměřila na nedávno vytvořený kmen protist s názvem Chromeridy. Dvě z nich: Chromeria velia a Vitrella brassicaformis byly ve vzorcích velmi hojně zastoupeny. Jde o organismy, jejichž zajímavost spočívá v příbuznosti jak s parazitickými výtrusovci, tak s fotosyntetizujícími obrněnkami, dále pak také v jejich pravděpodobné symbióze s korály. Na základě sesbíraných dat se s panem doc. Hamplem snažíme vytvořit fylogenetické stromky pomocí specíálního softwaru.
Dnes jsem měla tu čest pracovat s paní Mgr. Evou Mazancovou, členkou týmu pana doc. Hampla, s jejíž pomocí jsem se seznámila i s poměrně sofistikovanými metodami, které vedly až ke konečné sekvenaci DNA diplomonády.
Podařilo se nám izolovat DNA na základě navázání záporně nabitých fosfátových skupin DNA na kladně nabité skupiny na povrchu membrány, přes kterou jsme DNA filtrovaly, dále jsme ji čistili pomocí speciálních chemikálií – promývacích pufrů.
Pomocí metody PCR (pí-sí-ár – polymerase chain reaction) jsme pročištěnou DNA namnožily, resp. přístroj zvaný termocyklér ji namnožil.
Namnoženou DNA jsme podrobily metodě zvané Elektroforéza. Do agarózového gelu jsme zanesly vzorky naší DNA. Gelem jsme nechaly procházet stejnosměrný proud, na základě rozdílné pohyblivosti delších a kratších fragmentů v gelu, jenž jsme již na začátku obarvily fluorescenčním barvivem, bylo možno vizualizovat DNA pod UV zářením, popř. modrým světlem, (viz černobílá fotografie).
Další metodou byla tzv. Spektofotometrie, pomocí které jsme určily koncentraci DNA v našem vzorku (na základě měření pohlcovaného světla různých vlnových délek).
Na závěr tohoto neskutečného dne jsme připravily směs naší DNA a dalších důležitých látek pro sekvenování, na které budou naše vzorky poslány v pondělí. Pro sekvenaci nukleových kyselin je totiž v centru BIOCEV speciální laboratoř.
Musím říci, že jednou z dalších důležitých schopností, je i ovládání angličtiny, kromě toho, že veškeré popisky, či postupy jsou v angličtině, je také velká pravděpodobnost, že na chodbě potkáte vědce ze všech koutů světa, např. Tchajwance, Vietnamce, Rakušanku, Kanaďana apod.
Je to pro mne obrovská čest pracovat na takovém místě a potkávat se s takovými lidmi, kteří mě sice nepřekvapili svou nesmírnou inteligencí, ale naprosto dostali svou ochotou, trpělivostí a zábavností.
Barbora Vacková, 4. A
