Na základě několikaleté spolupráce s Pedagogickou fakultou UK došlo k zařazení Gymnázia pod Svatou Horou mezi fakultní školy. Od 1. září 2020 se tak připojíme jako jediné mimopražské k 11 dalším gymnáziím. Smlouva, která byla mezi oběma institucemi podepsána, předpokládá, že probíhající spolupráce se stane ještě intenzivnější. Na naší škole mohou studenti plnit své pedagogické praxe, jednotlivé katedry Pedagogické fakulty zde mohou realizovat své výzkumy či ověřovat didaktické a výukové materiály. Pro vyučující gymnázia se otevírají možnosti v podobě spolupráce s odborníky z řad akademických pracovníků fakulty. Ta dále nabízí metodickou pomoc a podporu při realizaci výuky.